Jak pisała „Gwiazdka Cieszyńska”: „Ten żelazny człowiek, którego siły nie zdołały złamać jadowite i zaraźliwe wyziewy tropicznych bagnisk, który przewędrował bezpiecznie i spokojnie rozległe stepy azjatyckie i porzecze Nilu, a pośród nieprzyjacielskich szczepów Kurdów i krwiożerczych Murzynów umiał się ochronić od niebezpieczeństw i napadów, które jego życiu tysiąckrotnie zagrażały – ten człowiek uległ w stołecznem mieście Wiedniu, niby w spokojnym porcie, otoczony wiernymi przyjaciółmi w najlepszym wieku, po krótkiej chorobie płucnej, mało z początku obawy wzniecającej”. Pochowany został w Wiedniu.
Theodor Kotschy był jednym z „najpłodniejszych” botaników XIX w. W swoim życiu wykonał opisy blisko 300 tysięcy okazów roślin oraz 9 tysięcy zwierząt i minerałów. Dla upamiętnienia jego postaci nazwano rodzaj Kotschya Endl. z rodziny bobowatych (Fabaceae Lindl.). Jego nazwisko utrwalono również w nazwie śródziemnomorskiego gekona (Cyrtodactylus kotschyi, obecnie klasyfikowanego jako Cyrtopodion kotschyi).
Przy łacińskich nazwach roślin jako autor diagnozy taksonomicznej oznaczany jest jako „Kotschy”.