30 lipca 1946 przewieziono go do Krakowa, razem z Rudolfem Hößem, byłym komendantem obozu koncentracyjnego Auschwitz.
Najwyższy Trybunał Narodowy po przeprowadzeniu przewodu sądowego w dniach 27 sierpnia – 5 września 1946, który wykazał ogrom zbrodni popełnionych przez oskarżonego, skazał Götha na śmierć przez powieszenie. Proces odbywał się w sali Sądu Okręgowego w Krakowie. W czasie procesu Göth zaprzeczał wszystkiemu do samego końca. Napisał nawet prośbę o ułaskawienie, w której prosił o to, by kara śmierci została zamieniona na karę więzienia. Wniosek został odrzucony. Wyrok wykonano 13 września 1946 w więzieniu przy ul. Montelupich w Krakowie.
Rodzina Amon Göth był dwukrotnie żonaty. Jego pierwszą żoną była Olga Janauschek, z którą ożenił się w styczniu 1934 r. To aranżowane przez rodziców małżeństwo rozpadło się w lipcu 1936 roku. Drugą jego żoną była mieszkanka Innsbrucku – Anna Geiger, ślub odbył się 23 października 1938 roku według pogańskiego rytuału SS. Anna Göth wkrótce urodziła syna, ale zmarł on po kilku miesiącach. Owocem tego małżeństwa było jeszcze dwoje dzieci: Ingeborg (1941) i Werner (1943).