Czasowo zrezygnował z działalności w SS i partii nazistowskiej do 1937 roku z powodu różnic zdań ze swoim Oberführerem Alfredem Biglerem i zamieszkał w Monachium, starając się pomóc rodzicom w rozwijaniu działalności wydawniczej. Ożenił się z polecenia rodziny, ale rozwiódł się po zaledwie kilku miesiącach.
Göth wrócił do Wiednia wkrótce po Anschlussie w 1938 roku i wznowił działalność partyjną. Poślubił Annę Geiger, kobietę, którą poznał na wyścigu motocyklowym, podczas cywilnej partyjnej ceremonii SS 23 października 1938 roku. Przed ślubem para musiała przejść szereg rygorystycznych testów fizycznych nadzorowanych przez SS, aby określić przydatność ich małżeństwa. Para miała troje dzieci: Petera, urodzonego w 1939 roku, który zmarł na błonicę w wieku siedmiu miesięcy; Wernera, urodzonego w 1940 roku; oraz córkę Ingeborg, urodzoną w 1941 roku. Para utrzymywała dom w Wiedniu przez cały okres II wojny światowej.