Na emigracji W kolejnych miesiącach Beneš zajmował się publicystyką, wydał zbiór opowiadań Disproporce, przygotowywał nowe książki do publikacji. Po wkroczeniu wojsk Układu Warszawskiego w sierpniu 1968 r. Beneš wyjechał do Paryża. Na początku 1969 r. wrócił do ojczyzny i objął stanowisko redaktora pisma Zítřek. W październiku 1969 r. opuścił Czechosłowację po otrzymaniu informacji, że władze planują ponownie aresztować go. Jego żonie Šárce również udało się uciec, ale dzieci zostały wypuszczone z kraju dopiero po dziesięciu latach. Beneš początkowo mieszkał we Francji, gdzie przygotowywał publikacje swoich książek.
W 1970 r. wyemigrował do USA. Zarabiał na życie jako pracownik fizyczny i uczył się języka angielskiego. W latach 1973–1974 pracował jako asystent naukowy w Instytucie Stosunków Międzynarodowych Uniwersytetu Harvarda. W 1974 roku został zatrudniony przez Departament Obrony Stanów Zjednoczonych i pracował w wojskowej szkole językowej Defense Language Institute w Monterey. Do 1979 r. studiował w Chapman College. Wykładał na różnych uniwersytetach w USA, Anglii, Niemczech i Austrii. Pisał podręczniki dla oficerów wywiadu amerykańskiego, publikował w prasie emigracyjnej i wydawał książki, w których opisywał czechosłowacką rzeczywistość, zwłaszcza lat 50. i 60. (Zelenou nahoru, 1977).