W okresie I wojny światowej wiele szkód wyrządziły stacjonujące tu wojska rosyjskie. W wojnie tej poległo wielu mieszkańców wsi. Dla upamiętnienia tych wydarzeń w latach międzywojennych wybudowano z inicjatywy Sulimirskich pomnik na skarpie koło kościoła. W tym czasie Kobylany znane też były z działalności ludowej i udziału miejscowych gospodarzy w strajku chłopskim.
Podczas II wojny światowej na terenie Kobylan toczone były walki z okupantem niemieckim. Walczyły z nim oddziały AK Placówki OP-15 „Centuria”, „Hortensja” z Chorkówki. We dworze znajdowała się kryjówka partyzancka i punkt opatrunkowy.
Na plebanii i w kościele ks. Stanisław Kołodziej dawał schronienie partyzantom, przechowywał i przemycał polskich oficerów przez potajemne górskie przejścia do Austrii i Czech, prowadził także Radio Podziemne i Koło Ministrantów, z którymi rozmawiał za różne tematy i którym pomagał. 13 lutego 1941 ks. Kołodziej wracający pieszo z Krosna, mimo ostrzeżenia wrócił na plebanię. Rankiem 14 lutego 1941 został aresztowany i wywieziony z plebanii do więzienia w Jaśle, gdzie przebywał sześć tygodni, był przesłuchiwany i katowany. Następnie został przewieziony transportem z Krakowa 5 kwietnia 1941 do obozu Auschwitz-Birkenau w Oświęcimiu, gdzie otrzymał numer 11397. Tam więziono go kolejne 6 tygodni.