W XVI w. za sprawą Męcińskich, którzy przeszli na kalwinizm, Kobylany stały się ośrodkiem reformacji na Podkarpaciu. Na zbór zamieniono miejscowy kościół, co ułatwił fakt przejścia na kalwinizm plabana Jakuba. On, a wcześniej Jakub Bzicki, uczestniczyli w synodach kalwińskich w Pińczowie i Włodzisławiu. Trwały jednak spory między plebanami. Po zbezczeszczeniu kościoła ok. 1620, zbór przeniesiono do dworu, a następnie wzniesiono kamienny zbór, tzw. murowaniec. W 1658 roku na Kobylany najechał Pieniążek, dokonując dewastacji w kościele. W Kobylanach działali kaznodzieje i pasterze kalwińscy, m.in. Paweł Ryzer i Paweł Petroselin. Blisko 160 lat trwał spór między dworem a plebanami. Kalwinizm upadł dopiero po 1720 roku.
Po upadku Konfederacji Barskiej jej regimentarz generalny Adam Mrozowicki, starosta stęgwilski, powróciwszy z Turcji, znalazł schronienie we dworze w Kobylanach, które należały do Marianny z Kalinowskich Ponińskiej, wojewodzicówny poznańskiej, siostry przyrodniej jego żony Ewy Puzynianki. Mrozowicki przebywał w Kobylanach co najmniej do sierpnia 1772 r.