Około godziny 4:30 spod semafora wjazdowego do stacji Janikowo ruszył pociąg towarowy, gdzie doszło do rozerwania składu, w wyniku czego kilka ostatnich wagonów zjechało kilkaset metrów w dół, przejeżdżając przez most kolejowy i zatrzymując się na nasypie. Zgodnie z przepisami na ostatnim wagonie powinny być sygnały końca pociągu. W związku z tym, że ostatni wagon się odczepił, tarczek sygnału końca pociągu nie było. Jednak z powodu ciemności dyżurni ruchu nastawni w Janikowie tego nie zauważyli i uznali szlak za wolny. Pociąg towarowy kontynuował jazdę bez ostatnich wagonów. W tym samym czasie ze stacji Kołodziejewo wyjeżdżał pociąg pospieszny nr 6513 z Wrocławia do Gdyni. Nikt nie wiedział o pozostawionych wagonach na szlaku i dyżurny ruchu w Kołodziejewie wyświetlił na semaforze sygnał S2 (jazda z najwyższą dozwoloną szybkością za tym i następnym semaforem). Kiedy pociąg pośpieszny dojeżdżał do Janikowa, na nasypie doszło do wypadku. Maszynista pociągu pośpiesznego zobaczył wagony na szlaku i wdrożył hamowanie nagłe (awaryjne). Nie udało się już zatrzymać rozpędzonego składu i o 4:45 doszło do zderzenia. Lokomotywa po najechaniu na wagony towarowe oderwała się od składu i wpadła do Jeziora Pakoskiego.