Jako lider grupy, Pogoń Prądnik zakwalifikowała się do rozgrywek klasy A, prowadzonych przez Okręg Zabrze.
Lata 40. Jesienią 1946 nastąpiła zmiana nazwy miasta z Prądnik na Prudnik. Wraz z nią zmieniła się nazwa klubu, który od tej pory występował jako Pogoń Prudnik. W sezonie 1946/1947 w klasie A przeciwnikami Pogoni były takie klubu, jak: Zjednoczenie Prudnik, Piast Gliwice, Polonia Bytom, Szombierki Bytom, Liniarnia Bytom, Kopalnia Ludwik Mikulczyce, Zjednoczenie Zabrze, Pogoń Zabrze, Odra Opole, Lwowianka Opole oraz Cresovia Kluczbork. Na rozpoczęcie sezonu rozegrano w Pogoni „wewnętrzny mecz”: „Kawalerowie” kontra „Żonaci”. Dochód z meczu przeznaczono na odbudowę Warszawy. Pierwszy w historii Pogoni mecz mistrzowski w klasie A odbył się 22 września 1946 w Prudniku. Pogoń uległa wówczas Kopalni Ludwik Mikulczyce 2:7. Swój pierwszy punkt w historii rozgrywek Pogoń Prudnik zdobyła 20 października 1946, remisując z Pogonią Zabrze (późniejszy Górnik Zabrze). Pierwsze zwycięstwa w klasie A Pogoń zdobyła w listopadzie 1946: 1:0 przeciwko Polonii Bytom i 4:3 przeciwko Liniarni Bytom. W dniu 18 listopada 1946 Pogoń rozegrała w Nysie pierwsze w Polsce spotkanie przy sztucznym oświetleniu. Wówczas uległa drużynie Gromu Nysa 3:2. Swój pierwszy sezon Pogoń zakończyła plasując się na 8.