W drużynie tej zadebiutował 17 sierpnia w meczu z Chelsea F.C. W pierwszym sezonie na Anfield Road wystąpił jeszcze w 21 meczach Premier League. 11 września 2004 roku w wygranym 3:0 meczu z West Bromwich Albion zdobył swoją pierwszą bramkę dla The Reds. Ponadto jego zespół dotarł do finału Pucharu Ligi, przegrał jednak w nim z Chelsea F.C. po dogrywce, a Finnan zagrał przez pełne 120 minut. W półfinale Ligi Mistrzów pokonał ten sam zespół i awansował do finału tych rozgrywek, w którym miał się zmierzyć z A.C. Milan. Irlandczyk wystąpił tylko w pierwszej połowie wygranego przez jego zespół po serii rzutów karnych meczu. Cały sezon zakończył z 33 występami oraz jedną bramką. Ponadto świętował zdobycie Superpucharu Europy. W następnym sezonie wystąpił w 33 meczach, zdobył także Tarcza Wspólnoty i Puchar Anglii. W maju 2007 roku Liverpool awansował do finału Ligi Mistrzów. Ponownie zmierzył się w nim z AC Milanem, jednak tym razem przegrał 2:1. Finnan grał do 88. minuty, po czym został zmieniony przez Álvaro Arbeloę. Sezon 2007/2008 był jego ostatnim spędzonym w Liverpoolu. Zagrał w nim w 24 ligowych meczach a jego drużyna zajęła 4. miejsce w tabeli Prmeier League.