W latach 1220/30–1237 część wschodnia świątyni została rozbudowana o poligonalnie zamknięte prezbiterium, flankowane kwadratowymi wieżami. Kościół otrzymał godność kolegiaty. Pod koniec XIV wieku przebudowano masyw wieżowy, który otrzymał wysoką kwadratową wieżę na osi. W następnym stuleciu wzniesiono w formach późnogotyckich zabudowania kanonickie wokół czworobocznego wirydarza otoczonego krużgankiem (istniejącym do 1839). Ponadto korpus nawowy nakryto sklepieniem sieciowym, okna otrzymały maswerki, podwyższono wieżę zachodnią. Wnętrze otrzymało późnogotycki wystrój (m.in. ołtarz Ostatniej Wieczerzy pędzla Bartholomäusa Bruyna, witraże), który wzbogacono w XVII i XVIII w. o liczne dzieła barokowe m.in. organy, ołtarz główny, chrzcielnicę czy ambonę.
W XIX wieku znaczna część nowożytnego wyposażenia kościoła została usunięta, w celu puryfikacji i regotycyzacji świątyni. Od 1888 przeprowadzono szereg prac restauracyjnych mających na celu przywrócić kościołowi pierwotny średniowieczny charakter. Podczas nalotów dywanowych na Kolonię w 1942 i 1945 roku kościół uległ poważnym zniszczeniom (zawalenie części sklepień, pożar wnętrza). Trwająca do 1959 roku odbudowa przywróciła ostatecznie kościołowi średniowieczny wygląd.