W czasie II wojny światowej kościół uległ poważnym zniszczeniom w wyniku alianckich nalotów dywanowych. Jednakże zniszczenia, w tym olbrzymia wyrwa w zachodniej części dekagonu, nie spowodowały dalszych zniszczeń korpusu nawowego. Część wschodnia ucierpiała najmniej. Wielofazowa i skomplikowana odbudowa kościoła trwała do lat 80. XX wieku: 1949 – konsekrowano ołtarz główny w prezbiterium 1954 – dodano małe organy 1956 – ukończono konserwację dawnej krypty do 1984 – prace nad odbudową dekagonu W 2001 poświęcono nowe wielkie organy, liczące 36 registrów.
Architektura Kościół Świętego Gereona składa się z dziesięciobocznego, centralizującego korpusu nawowego z kaplicą chrzcielną od strony południowej, trójprzęsłowego prezbiterium zamkniętego półkolistą absydą, dwoma wieżami po bokach, zakrystią (także od strony południowej) oraz dwuprzęsłowej kruchty, która niegdyś łączyła świątynię z czworobocznym atrium. Do kruchty przylegają dwie kaplice boczne. Architekturę charakteryzuje synteza form romańskich i gotyckich, z przewagą wcześniejszego stylu.