Zasada działania IFF jest systemem „kooperacyjnym” (wymaga współpracy identyfikowanego obiektu): interrogator wysyła zapytanie, a transponder generuje odpowiedź zawierającą zakodowane informacje identyfikacyjne i (zależnie od trybu) dodatkowe dane. W praktyce rozwiązania IFF/SSR wykorzystują wspólne łącze radiowe 1030/1090 MHz: 1030 MHz jest używane do interrogacji, a 1090 MHz do odpowiedzi transpondera oraz części transmisji spontanicznych (tzw. squitter, np. w ADS-B).
W kontrolowanej przestrzeni powietrznej w lotnictwie cywilnym (i w lotnictwie wojskowym wykonującym loty w tej przestrzeni) wykorzystywane są transpondery odpowiadające na zapytania radarów wtórnych wyposażonych w interrogator.
Tryby pracy Istnieją dwa główne tryby pracy systemu: SIF (z ang. ) – tryb jawny SM (z ang. ) – tryb tajny, uruchamiany w przypadku wojny lub w celu sprawdzenia jego działania
System SIF może być używany w różnych trybach: MOD 1 (M1) – wykorzystywany w operacjach taktycznych MOD 2 (M2) – wykorzystywany do identyfikacji indywidualnej (stały kod transpondera) MOD 3/A (M3/A) – wykorzystywany do identyfikacji ruchu lotniczego (kod „squawk”). MOD C (MC) – wykorzystywany do określania wysokości lotu samolotu (wysokość barometryczna).