Historia Kolejna zmiana charakteru rzeki była dziełem rąk ludzkich. Wobec cyklicznych wielkich powodzi i spowodowanego nimi wyłączenia wielkich obszarów z produkcji rolnej od dawna planowano regulację Cisy i osuszenie jej doliny. Ostatecznie prace podjęto sumptem Korony Węgierskiej w 1846. W wyniku melioracji w XIX i XX wieku 84% powierzchni terasy zalewowej zostało trwale osuszone. Uregulowano 32% długości Cisy, a bieg rzeki skrócono o 453 km poprzez odcięcie meandrów i wyprostowanie nurtu. Pozostało 589 km odciętych zakoli. Przekopano 136 km nowego łożyska. Wały przeciwpowodziowe nad Cisą liczą 2940 km długości i stanowią największy system przeciwpowodziowy w Europie. Regulacja Cisy została w zasadzie zakończona w 1880, jednak również później dokonywano wielu prac, w szczególności kopano kanały transportowe i nawadniające. Ostatnią zmianą było utworzenie w latach 1973–1990 wielkiego sztucznego zbiornika wodnego Cisa.
W latach 1989–2001 doszło do kilku katastrofalnych powodzi Cisy. 30 stycznia 2000 z kopalni złota w Baia Mare wydostało się do Samoszu około 100 000 m³ wody zanieczyszczonej cyjankiem i metalami ciężkimi. Wyciek spowodował w Samoszu i Cisie katastrofę ekologiczną.