Poczucie braku bezpieczeństwa, które powstało w wyniku pogromów, oraz powstanie państwa Izraela sprawiły, że większość Żydów opuściła Libię. Pomiędzy 1948 a 1951, a w szczególności po zalegalizowaniu emigracji w 1949, 30 972 Żydów wyjechała do Izraela. 31 grudnia 1958 władze Libii rozwiązały Radę Społeczności Żydowskiej. W 1961 uchwalono ustawę, która wymagała potwierdzenia prawdziwego obywatelstwa libijskiego. W efekcie, wszystkim żydowskim mieszkańcom kraju (z wyjątkiem 6 osób) odmówiono potwierdzenia obywatelstwa Libii.
Wojna sześciodniowa Do 1967 ludność żydowska w Libii zmniejszyła się do 7000 osób. Po wojnie sześciodniowej pomiędzy Izraelem a jego arabskimi sąsiadami, Żydzi libijscy stali się ponownie ofiarą antyżydowskich rozruchów. 18 osób zostało zabitych, a wiele więcej zostało rannych. Przywódcy społeczności żydowskiej złożyli królowi Idrysowi I prośbę o zezwolenie na „czasowe” opuszczenie kraju. Król zgodził się, nawet ponaglając społeczność do wyjazdu. Dzięki mostowi lotniczemu i transportowi statków, włoska marynarka wojenna ewakuowała ponad 6000 Żydów do Rzymu w przeciągu jednego miesiąca. Uchodźcy musieli opuścić swoje domy, firmy i większość majątku. Z tych 6000 osób, ponad 4000 wkrótce wyjechało z Włoch do Izraela lub Stanów Zjednoczonych, zaś reszta pozostała w Rzymie. Dziś spośród ok.