W post-sowieckim krajobrazie Rozwiązanie Układu Warszawskiego i odzyskanie przez Polskę pełnej suwerenności wymusiło fundamentalne zmiany w strukturach dowodzenia. W 1998 roku, po rozformowaniu macierzystego 79. Pułku, 31. Dywizjon został podporządkowany dowódcy 1. Śląskiej Brygady Rakietowej Obrony Powietrznej z Bytomia. Był to krok w kierunku konsolidacji wojsk rakietowych w większe, bardziej elastyczne związki taktyczne, typowe dla nowoczesnych armii. Najbardziej wymownym symbolem tej nowej ery było przeniesienie najważniejszego elementu szkolenia bojowego na terytorium Polski. Pierwsze po upadku bloku wschodniego strzelanie bojowe dywizjonu odbyło się w 1995 roku na Centralnym Poligonie Sił Powietrznych w Ustce. Siedmioletnia przerwa między ostatnim strzelaniem w Aszułuku a pierwszym w Ustce świadczy o ogromnym wysiłku organizacyjnym i logistycznym, jaki Wojsko Polskie musiało podjąć, aby zbudować od podstaw własne zdolności do szkolenia poligonowego wojsk rakietowych. Był to ostateczny akt "nacjonalizacji" sił zbrojnych.