Niekiedy pod wpływem działania klomifenu dochodzi do uwolnienia dwóch lub więcej komórek jajowych, dlatego u kobiet leczonych klomifenem istnieje ryzyko ciąży mnogiej.
Nie wykazuje działania gestagennego, androgenego ani antyandrogennego oraz nie wpływa na przysadkową regulację hormonów nadnerczy ani tarczycy.
Klomifen jest także stosowany w dopingu farmakologicznym jako lek zmniejszający działania niepożądane sterydów. Ponieważ lek ten blokuje receptory estrogenowe, zmniejsza skutki estrogennego działania hormonów sterydowych takie jak ginekomastia. Klomifen jest lekiem zakazanym dla sportowców przez Światową Agencję Antydopingową.
Ciąża Klomifen nie powinien być stosowany w ciąży ze względu na ryzyko wad rozwojowych u płodu. Przed leczeniem należy wykluczyć ciążę.
Działania niepożądane Zaburzenia widzenia, nadmierna stymulacja jajników, uderzenia gorąca, dyskomfort w podbrzuszu, nudności, wymioty, depresja, bezsenność, bóle głowy, nadwrażliwość piersi. W przypadku stwierdzenia nadmiernej stymulacji jajników leczenie należy przerwać.