Koordynował również działania wymierzone przeciwko Świetlistemu Szlakowi i Ruchowi Rewolucyjnemu im. Tupaca Amaru. Podlegli mu funkcjonariusze SIN zamieszani byli w szereg przypadków podsłuchiwania i zastraszania politycznych przeciwników władzy Fujimoriego oraz łamania praw człowieka. W 2001 Miami Herald poinformował, że Montesinos otrzymywał od CIA sumę 1 mln dolarów rocznie (od 1990 do 2000) na cele walki z narkobiznesem, w czasie, gdy wyszły już na jaw dowody jego współpracy z handlarzami narkotykamiCIA paid millions to Montesinos.
W 1995 jego działalność miała znaczący wpływ na sukces Alberto Fujimoriego i jego politycznego zaplecza w wyborach prezydenckich i parlamentarnych.
W 1997 przyczynił się do rozwiązania kryzysu zakładników w sposób siłowy, wbrew sugestiom dyplomacji japońskiej. W tym samym roku ujawnione zostały jego związki z handlem narkotykami. Przyczyniło się to do wzmożonych ataków opozycji na rząd.