Położenie monasteru radykalnie zmieniło się w 1699, gdy dobra jabłeczyńskie zakupił Karol Stanisław Radziwiłł, wyznawca katolicyzmu (w odróżnieniu od poprzednich właścicieli wsi). Radziwiłłowie wywierali silny nacisk na monaster, by przystąpił do Kościoła unickiego, zaś korzystając z prawa patronatu zmusili do konwersji duchownych z miejscowej parafii. W celu obrony swojej pozycji, klasztor w 1701 podporządkował się, jako filia, monasterowi Świętego Ducha w Wilnie. W 1724 monasterowi odebrano cztery parafialne cerkwie filialne. W 1752 Hieronim Florian Radziwiłł ufundował cerkiew unicką we wsi Jabłeczna. Parafia unicka przejęła znaczną część majątku klasztornego oraz przyczyniła się do przejścia na unię miejscowej ludności. Trzy lata później miał miejsce zbrojny napad na monaster, w którym wzięli udział również bazylianie z klasztoru w Białej Podlaskiej. W czasie napaści monaster został splądrowany, skradziono również przechowywane w nim dokumenty, w tym potwierdzające własność ziemską. Mimo to wspólnota jabłeczyńska pozostała przy prawosławiu. Od 1767 klasztor otrzymywał regularne wsparcie finansowe od metropolii kijowskiej.