W 1670 monaster w Jabłecznej stał się ostatnią prawosławną placówką duszpasterską w regionie. Gdy postanowienia unii przyjął monaster św. Mikołaja w Mielcach, którego filią była wspólnota jabłeczyńska, dzięki pomocy właściciela Jabłecznej Andrzeja Leszczyńskiego mnisi przeszli w bezpośrednią jurysdykcję prawosławnych biskupów łuckich. Z kolei po przystąpieniu diecezji łuckiej do Kościoła unickiego zwierzchnikiem monasteru stała się prawosławna metropolia kijowska. Prestiż klasztoru wśród ludności prawosławnej rósł w miarę zmniejszania się liczby klasztorów tego wyznania w Rzeczypospolitej. Od 1 marca 1681 działalność duszpasterska mnichów była jeszcze bardziej ograniczona: tę datę nosił dekret króla Jana III Sobieskiego skierowano do wspólnot „nieunickich”, w którym prawosławnym duchownym zabroniono służby we wsiach, w których znajdowały się świątynie unickie. W okresie tym znaczna część parafian placówki duszpasterskiej w Jabłecznej pochodziła ze wsi, w których dawne cerkwie prawosławne znalazły się w rękach unitów, a którzy nie chcieli przejść na katolicyzm.