W 1605 fundacja została zatwierdzona przez papieża Klemensa VIII oraz decyzją papieża leżący dotąd w granicach diecezji włocławskiej Bysławek, w celu zbliżenia go z klasztorem w Chełmnie, został podporządkowany jurysdykcji biskupa chełmińskiego. Podczas wojny polsko-szwedzkiej benedyktynki bysławieckie przeniosły się do klasztoru w Poznaniu tworząc tam około sześćdziesięcioosobową wspólnotę. Zakonnice z Bysławia mieszkały w Poznaniu od 26 lipca do 17 września 1626. Po potopie szwedzkim, w latach sześćdziesiątych XVII wieku wiele zakonnic przez kilka lat mieszkało z rodzinami, klasztor stał praktycznie pusty i dopiero po pewnym czasie powróciły do Bysławka. W 1772 klasztor w ramach pierwszego rozbioru Polski znalazł się pod panowaniem pruskim, Nowe władze od razu przystąpiły do odebrania klasztorowi dóbr ziemskich przydzielając siostrom dziewięciuset złotych, które jednak nie wystarczały na utrzymanie klasztoru. Wobec usilnych próśb zakonnic, rząd pruski przystał na oddanie im w wieczystą dzierżawę miejscowego folwarku, co bynajmniej nie poprawiło sytuacji.