W odpowiedzi Unia Afrykańska i Wspólnota Gospodarcza Państw Afryki Zachodniej nałożyły na juntę i Mali sankcje, co szybko doprowadziło do niedoborów żywności i energii oraz wzrostu cen. Rebelianci tuarescy wykorzystali moment niestabilności politycznej, przejmując kontrolę nad północną częścią kraju wraz z miastami Gao i Timbuktu. 6 kwietnia 2012 roku tuareska grupa Narodowy Ruch na Rzecz Wyzwolenia Azawadu (fr. , ) ogłosiła utworzenie niezależnego państwa Azawad. Tego samego dnia Touré zgodził się na madiację Wspólnoty Gospodarczej Państw Afryki Zachodniej i ustąpił ze stanowiska. 12 kwietnia tymczasowym prezydentem kraju został prezydent Zgromadzenia Narodowego Dioncounda Traoré. Miesiąc później w wyniku ataku demonstrantów na pałac prezydencki w Bamako, Dioncounda został pobity do nieprzytomności i z urazami głowy trafił do szpitala. Po leczeniu we Francji wrócił pod koniec lipca do Mali, by utworzyć rząd – w sierpniu mianował premierem Cheicka Modibo Diarrę.