XXI wiek W 2002 roku władzę objął Toumani Touré, a rok później na zachodzie kraju doszło do starć między rywalizującymi grupami islamskimi. Rząd Touré borykał się z nieustającymi problemami gospodarczymi i konfliktami na tle etnicznym i religijnym. W 2003 i 2005 roku umorzono długi państwa, a w 2007 roku Touré został ponownie wybrany prezydentem kraju.
W 2007 roku doszło do wznowienia walk z Tuaregami na północy kraju. Do zaognienia relacji państwa z Tuaregami doszło w 2012 roku, kiedy po obaleniu i zabójstwie przywódcy Libii, pułkownika Muammara al-Kaddafiego (1942–2011), do Mali powrócili tuarescy najemnicy, walczący w czasie wojny domowej po stronie Kaddafiego. Napływ nowych, dobrze uzbrojonych i wyćwiczonych bojowników zmienił sytuację w regionie i w rezultacie w styczniu 2012 roku doszło do wybuchu zbrojnego powstania Tuaregów, które przerodziło się w wojnę domową pod przewodnictwem Narodowego Ruchu Wyzwolenia Azawadu. Do rebelii włączył się też Arabski Ruch Azawadu. W związku z niepowodzeniami rządu w walce z rebeliantami tuareskimi, w marcu 2012 roku doszło do buntu armii i zamachu stanu. Władzę w państwie w następstwie przewrotu objął Narodowy Komitet na rzecz Przywrócenia Demokracji i Państwa pod przywództwem Amadou Sanogo.