W wyniku I rozbioru Polski w 1772 Krasnobród wszedł w skład zaboru austriackiego, a w 1809 do departamentu lubelskiego Księstwa Warszawskiego. Po kongresie wiedeńskim wszedł w skład obwodu zamojskiego Królestwa Polskiego.
24 marca 1863 pod miastem miała miejsce bitwa oddziałów Marcina Borelowskiego z wojskiem armii carskiej mjr Ogalina. Upamiętnia ten fakt Pomnik Powstańców Styczniowych, znajdujący się na miejscowym cmentarzu. Za udział w powstaniu Krasnobród utracił prawa miejskie. thumb|left|Pomnik Powstańców styczniowych z 1863
Na przełomie XVIII i XIX wieku Krasnobród stał się ośrodkiem garncarstwa i meblarstwa. Produkowano tu gonty, kafle porcelanowe, patyczki do zapałek oraz tzw. „skrzynie krasnobrodzkie”. Pod koniec XIX wieku Krasnobród stał się znany dzięki jednemu z pierwszych w Europie sanatoriów przeciwgruźliczych, założonemu przez dr Alfreda Rose, w którym gruźlicę leczono kumysem, jednakże brak dobrych połączeń komunikacyjnych przyczynił się do upadku placówki.
Podczas I wojny światowej, w czerwcu 1915, bili się tu wojska armii carskiej z wojskami armii austro-węgierskiej. Polegli żołnierze spoczywają na miejscowym cmentarzu.