Istotą konfliktu polityczno-militarnego w Sudanie był podział między północną częścią państwa, zamieszkałą głównie przez Arabów, z rządem centralnym w Chartumie, a bardzo słabo rozwiniętym południem, z ludami afrykańskimi o wyznaniu chrześcijańsko- animistycznym. Wyznawcy islamu to ok. 70% mieszkańców kraju, 25% przypada na wierzenia tradycyjne, a ok. 5% to chrześcijanie. Drugim podłożem konfliktu jest struktura etniczna państwa. Ponad 50% to Arabowie z dwóch wielkich grup Dżaalin-Danagla oraz Dżuhajna-Fazara zamieszkujący obszary północne i środkowe kraju. W północnej części kraju występują jeszcze Nubijczycy oraz lud Bedża, stanowiąc w sumie ok. 15% ludności. Duże zróżnicowanie występuje na południu. Największą grupę etniczną stanowi plemię Dinka (12%), a następnie Nuerowie (5%). Pozostałymi dużymi grupami etnicznymi na południu kraju są Bari, Szyllukowie oraz Lotuko. W zachodniej prowincji Darfur główną grupą etniczną jest lud Furi, który stanowi 2% ludności Sudanu. Historycznych korzeni konfliktu należy doszukiwać się przede wszystkim w polityce prowadzonej przez XIX-wiecznych kolonizatorów tych terenów, tj. Brytyjczyków oraz Egipcjan oraz dominującej w tym kraju nacji muzułmańskiej.