Porozumienie pokojowe z 2005 roku przewidywało równoczesną z referendum w Sudanie Południowym organizację drugiego referendum w regionie Abyei. W okresie przejściowym ten zasobny w ropę naftową region posiadał „specjalny status administracyjny”. Jego mieszkańcy na drodze głosowania mieli zadecydować o zachowaniu tego statusu i pozostaniu przy północy bądź o przyłączeniu się do południa. W celu wyznaczenia dokładnych granic regionu miała zostać powołana komisja graniczna (Abyei Boundaries Commission), a w celu przeprowadzenia głosowania komisja referendalna (Abyei Referendum Commission), której kompetencją miało być również wyznaczenie kryteriów uprawniających do udziału w głosowaniu. W stanach Kordofan Południowy i Nil Błękitny miały odbyć się natomiast „powszechne konsultacje”, przeprowadzone poprzez parlamenty stanowe i powołane przez nie komisje. Na ich podstawie rząd centralny Sudanu miał podjąć ewentualne decyzje o „naprawie procedur potrzebnych na wierne wdrożenie postanowień porozumienia pokojowego”.