Średni przepływ wieloletni u ujścia Nysy Kłodzkiej do Odry wynosi 50 m³/s, przepływ nie powodujący strat w infrastrukturze poniżej zapory zależy od wezbrania Odry i waha się w zakresie 150–190 m³/s, natomiast w lipcu 1997 r. (powódź tysiąclecia) przepływ ten wynosił ponad 1500 m³/s. Zrzut awaryjny z Jeziora Nyskiego zalał m.in. Nysę, Lewin Brzeski i liczne wsie w dorzeczu rzeki oraz przyczynił się do znacznego podniesienia się wody w Odrze, która zalała Wrocław. 2024 – podczas wrześniowej powodzi Nysa Kłodzka wyrządziła duże straty w Kłodzku oraz w miejscowościach położonych w jej biegu poniżej Nysy. Do szkód powyżej Jeziora Otmuchowskiego przyczyniło się rozmycie zapory w Stroniu Śląskim przez przelewającą się wodę. Niemal cała zgromadzona woda (około 1,4 mln m³) wypłynęła ze zbiornika w krótkim czasie, wywołując liczne zniszczenia.
Podziemne przekroczenie działu wodnego Część wód potoku Kleśnica (wpadającego do Morawki, dopływu Białej Lądeckiej) odpływa podziemnie z czeskiej Morawy należącej do zlewiska Morza Czarnego.