W dolnym biegu wykorzystywana wraz z Oławą jako źródło wody dla Wrocławia. Wybudowano kanał przerzutowy prowadzący wodę z Nysy do Oławy.
Na części swojego biegu jest tradycyjną granicą pomiędzy Górnym i Dolnym Śląskiem.
Powodzie Przed XX wiekiem wysokie stany wód Nysy Kłodzkiej, które zostały wymienione w kronikach wystąpiły w latach: 1270, 26 lipca 1310, 1387, 1400, 1463, 1475, 1501, 16 sierpnia 1598, 1622, 1729, 1736, 22 czerwca 1783 (stan wody w Kłodzku wynosił ok. 6,30 m), 1813, 1829, 1854, 1879, 5–12 sierpnia 1880, 19–20 czerwca 1883, 1888, 27–31 lipca 1897
Na przełomie XIX i XX wieku wdrożono system obserwacji stanu wód. Na jego podstawie wysokie stany wód w Kotlinie Kłodzkiej stwierdzono w latach: 1903, 1938, 1952, 1967, 1970, 1972, 1977, 1997 oraz w 2024.
Ważniejsze powodzie: 1598 – ulewne deszcze spowodowały w Bardzie silne osunięcie ziemi ze stoków Bardzkiej Góry i przegrodzenie Nysy Kłodzkiej, która zalała miasto, a potem zmieniła koryto. 1997 – powódź tysiąclecia – przez rzekę przetoczyła się 9-metrowa fala, która zalała Kłodzko. Zbiorniki retencyjne nie uchroniły od zalania również Nysy. W całej Kotlinie Kłodzkiej rzeki należące do dorzecza Nysy Kłodzkiej spowodowały olbrzymie straty.