Z takim zadaniem wysłał go w 1780 roku do Junnanu; Heshen udowodnił korupcję, zarzucaną tamtejszemu gubernatorowi generalnemu Li Shiyao. W czasie swego pobytu przygotował też dokładny raport na temat południowych prowincji. W tym samym roku został mianowany dowódcą Błękitnej Chorągwi, Ministrem Finansów i naczelnikiem cesarskiej biblioteki, odpowiedzialnym za kompilacje wielkich encyklopedii cesarskich. Rok później wysłano go do stłumienia rebelii muzułmanów w Gansu. Jako dowódca okazał się zupełnie niekompetentny, co nie przeszkodziło mu odebrać wielkich nagród, gdy trzy lata później powstanie stłumiono. Pełnił kolejno (i równocześnie) funkcje Ministra Finansów, Służby Państwowej, a od 1786 roku – Wielkiego Sekretarza, zajmując równocześnie do 20 pomniejszych urzędów. Ciągle awansując, w 1798 roku otrzymał tytuł diuka (od 1790 roku był też teściem ulubionej córki cesarza).
W 1794 roku opiekował się misją dyplomatyczną lorda Macartneya, która przybyła do cesarza Qianlonga. Skorzystał wtedy z usług towarzyszącego misji lekarza, ponieważ nie mogli mu pomóc specjaliści chińscy. Dr Hugh Gillan zdiagnozował u niego poważny artretyzm i przepuklinę.