W lipcu 1948 r. aresztowany i osadzony w więzieniu na Mokotowie. W styczniu 1951 roku skazany na 15 lat więzienia, karę odbywał w Sztumie i Wronkach (w maju 1956 r. udzielono mu rocznej przerwy w odbywaniu kary). W wyniku rewizji wyroku uznano, że jego skazanie było niesłuszne. Zmarł we Włocławku dnia 3 września 1959 roku i spoczął na tamtejszym cmentarzu komunalnym. Żonaty z Henryką z Lassotów (1894-1944), jego drugą żoną była Janina Szpakowska. Z pierwszego małżeństwa miał trzech synów: Andrzeja (1917-1944), Stefana (1920-1988) i Mariana Wiesława (1924-1944). Andrzej Junczys odznaczony był Srebrnym Krzyżem Zasługi, Medalem Pamiątkowym za Wojnę 1918–1921 i Medalem Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości. zastępca komendanta - wakat oficer oświatowy - por. Alojzy Dobrowolski kierownik kancelarii - por. Edward Kiedrowski oficer kasowy - por. Władysław Ciężki p.o. oficera administracyjnego i kierownik warsztatów więziennych - chor. Antoni Żurawiński referent depozytów - chor. Henryk Wirth oficer prowiantowy - chor. Władysław Doda nadzorca więźniów - chor.