Poszczególne elementy mogą być oceniane na podstawie jednego lub kilku wskaźników (metriksów), przy czym o ile ocenę danego elementu można uśredniać, o tyle w ogólnej ocenie o stanie decyduje najsłabiej oceniony element, podobnie jak w przypadku poprzednio stosowanej skali trzystopniowej. O ile w tradycyjnym systemie jakość wód sprowadzała się do jej czystości i wskaźniki biologiczne ograniczały się do elementów stanu sanitarnego (indeks saprobów, miano mikroorganizmów), o tyle w obecnym systemie to wskaźniki biologiczne odgrywają podstawową rolę. Także elementy wspierające z innych grup mogą być związane z podejściem ekosystemowym, np. dla oceny stanu cieków znaczenie ma ich morfologia umożliwiająca migracje ryb. Oceniany jest stan poszczególnych biocenoz, np. makrobentosu. W badaniach naukowych i pilotażowych badaniach mających na celu ustalenie rutynowych metod monitoringu stosowane są rozmaite wskaźniki biotyczne (np. polski indeks biotyczny, współczynniki fitoplanktonowe), z których do wykorzystania przez inspekcję środowiska wybierane są tylko niektóre. Polska
System trzyklasowy (1970–2004)