thumb|Ilość chlorofilu a jako miara obfitości fitoplanktonu jest stosowana do oceny stanu wszystkich wód powierzchniowych Stan ekologiczny wyznaczany jest przez trzy grupy elementów wskaźnikowych: elementy biologiczne (podstawowe) elementy hydromorfologiczne (wspierające) elementy chemiczne i fizyczno-chemiczne (wspierające).
Zarówno dobór tych elementów, jak i ich wartości graniczne są różne dla odpowiednich typów wód. Przykładowo, w przypadku cieków uwzględniana jest ciągłość ich przepływu, a w przypadku wód przybrzeżnych – kierunek i prędkość dominujących prądów. Naturalny chemizm wód (np. zawartość jonów wapniowych) różni się w zależności od warunków geologicznych, również naturalne ekosystemy wykazują zmienność geograficzną nawet w obrębie jednego kraju i typologiczną (np. fitoplankton dużej rzeki jest obfitszy niż fitoplankton potoku górskiego, a jego skład gatunkowy w zachodniej Polsce może nieco różnić się od składu gatunkowego wikaryzującego ekosystemu w Polsce wschodniej), w związku z tym wartości graniczne poszczególnych wskaźników dostosowane są do lokalnej typologii wód.