Służba thumb|Centrala U-1, w ekspozycji Deutsches Museum Pierwszym dowódcą U-1 został kapitan Erich von Boehm-Bezing. Okręt został wykorzystany do pierwszych niemieckich eksperymentów z operacyjnym użyciem okrętów podwodnych, szczególnie intensywnych w pierwszych osiemnastu miesiącach służby. Zdobyte wtedy doświadczenia były podstawą do opracowania kolejnych, większych i doskonalszych jednostek. W 1907 roku U-1 i jego załoga udowodnili swą wartość bojową, przeprowadzając w trakcie manewrów zaskakujący i skuteczny atak torpedowy (torpedami ćwiczebnymi) na mały krążownik . W tym samym roku okręt został zaprezentowany podczas Tygodnia Kilońskiego, a jesienią przepłynął samodzielnie z Wilhelmshaven przez Cieśniny Duńskie do Kilonii, dając dowód niezłych właściwości morskich.
Po wybuchu I wojny światowej był już uważany za całkowicie przestarzały, zbyt słabo uzbrojony i nie był wykorzystywany bojowo. Jako okręt szkolny nie podlegał ustaleniom rozejmu w Compiègne i nie został wydany zwycięzcom.