Część zachodnia pozostała bowiem w rękach Habsburgów, natomiast Izabela i jej syn otrzymali od sułtana w lenno część wschodnią dawnego królestwa: Siedmiogród, ziemie nad Cisą i wschodnią część ówczesnych Górnych Węgier, czyli Słowacji. W wyniku dalszych walk i intryg terytorium Wschodnich Węgier było coraz bardziej ograniczane zarówno przez Habsburgów jak i Turków. W roku 1551, w wyniku przejścia Jerzego Utiešenovicia na stronę Habsburgów, Izabela została zmuszona zrzec się praw do korony w imieniu swoim i swego syna i do wyjazdu na Śląsk, gdzie Zapolyowie otrzymali w ramach rekompensaty księstwo opolskie. Wschodnie Węgry uznały wówczas władzę Habsburgów, a ambitny Utiešenović, który marzył o władzy dla siebie został wkrótce zamordowany. Rządy habsburskie trwały jednak krótko. Niedotrzymanie przez Ferdynanda obietnic wobec Izabeli i jej syna oraz niemożność obrony Siedmiogrodu przed atakami tureckimi spowodowało powrót Zápolyów na Węgry i reaktywację niezależnego od Habsburgów państwa pod egidą turecką (1556). Mimo tego wschodnie królestwo miało coraz mniejsze szanse na zjednoczenie Węgier, zwłaszcza, że zostało w tym czasie ograniczone do niemal samego Siedmiogrodu.