Po latach walk, w 1538 roku, Jan zawarł z Habsburgami układ w Wielkim Waradynie, który dawał mu prawo do dożywotniego używania tytułu królewskiego i rządzenia w centralnej i wschodniej części Węgier. W zamian Ferdynand i jego spadkobiercy mieli zagwarantowane następstwo w całym kraju po śmierci bezdzietnego i nieżonatego wówczas Jana.
Układ wielkowaradyński stał w sprzeczności z interesami sułtana tureckiego, Sulejmana Wspaniałego, który wspierał Zápolyę w walce z Habsburgami i uważał jego państwo za kraj wasalny. Sytuacja królestwa Zápolyi zmieniła się, gdy Jan ożenił się z Izabelą Jagiellonką i na dwa tygodnie przed swoją śmiercią doczekał się narodzin syna - Jana Zygmunta (1540). Za radą doradcy zmarłego władcy, Jerzego Utiešenovicia, szlachta, obawiając się najazdu tureckiego w razie obioru Habsburga na tron, wybrała na króla młodego Zápolyę. Regentką została królowa Izabela, choć realną władzę objął sam Utiešenović. Wybór kolejnego Zápolyi na króla i zerwanie umowy wielkowaradyńskiej doprowadził do wojny z Habsburgami i ataku Ferdynanda na stolicę kraju (Budę), a to z kolei do interwencji Turków. Sulejman pokonawszy Austriaków (1541) nie oddał jednak Budy Zápolyom, przyłączając centralne Węgry do swego imperium. W ten sposób państwo węgierskie rozpadło się na 3 części.