Czesław Marek jako kompozytor był laureatem wielu nagród, m.in. Lutni Warszawskiej (1912), Echa Poznańskiego (1924), Echa Krakowskiego (1925), miesięcznika "Muzyka" (1926 i 1927) oraz za "Sinfonię brevis" na orkiestrę (1928) na Międzynarodowym Konkursie Kompozytorskim im. Franza Schuberta w Wiedniu (1928).
Muzyka Wśród jego kompozycji najbardziej istotne są fugujący Tryptyk, op. 8 (1913, zmieniona w 1923) na fortepian; jednoczęściowa Sinfonia op. 28 na wielką orkiestrę uważana za najwybitniejsze dzieło i za którą zdobył pierwszą nagrodę w sekcji polskiej Międzynarodowego Konkursu 1928 Columbia Graphophone zorganizowanego w setną rocznicę śmierci Schuberta. Ważne są także jego dwa cykle polskich pieśni na głos i orkiestrę kameralną opartą na tekstach ludowych. W 1930 stworzył wiele utworów na harfę, w tym transkrypcję dzieła Ravela Ondine na dwie harfy. W okresie późniejszym napisał kilka utworów w stylu jazzowym. Przestał komponować w latach 40., ale w 1972 opublikował w Zurychu znaczącą pracę poświęconą sztuce gry fortepianowej zatytułowaną 'Lehre des Klavierspiels'. Pierwsza część tej pracy pierwotnie ukazała się w 1961 roku pod tytułem "Was ist musikalisch?".