Jonas Mekas zagrał w filmie Petera Sempela pt. Jonas in the Desert (1994). W 1995 roku Mekas zrealizował 85-minutowy film pt. Birth of a Nation, prezentujący fragmenty twórczości 160 filmowców.
W późniejszych latach Mekas zaczął wykorzystywać w swoich pracach wieloekranowe instalacje, przy pomocy których wyświetlał znane już publiczności filmy. Prace te były prezentowane na 51. Biennale w Wenecji w PS1 Contemporary Art Center i w Jonas Mekas Visual Arts Center.
W 2004 roku, nieczynny terminal TWA Flight Centre przy Porcie Lotniczym J.F. Kennedy’ego, zaprojektowany przez Eero Saarinena, był miejscem wystawy zatytułowanej Terminal 5. Znalazły się na niej prace 18 artystów, wśród których był Jonas Mekas.
W 2007 roku Mekas zrealizował cykl 365 krótkich filmów dla marki iPod. Filmy powstawały w częstotliwości jeden na dzień i są dostępne na stronie internetowej filmowca.
Od lat 70. Mekas prowadzi zajęcia z filmu w New School for Social Research, MIT, Cooper Union i New York University.