Był na polu artystycznym związany z takimi artystami, jak Andy Warhol, Nico, Allen Ginsberg, Yoko Ono, John Lennon, Salvador Dalí czy jego rodak George Maciunas.
W 1964 roku Mekas trafił do aresztu pod zarzutem obrazy moralności po pokazie filmów: Flaming Creatures (1963) i Jeana Geneta Un Chant d’Amour (1950). Zorganizował kampanię przeciwko cenzurze i przez kolejnych kilka lat wyświetlał filmy w Film-makers’ Cinematheque, The Jewish Museum i Gallery of Modern Art.
W latach 1964–1967 organizował pokazy amerykańskiej awangardy filmowej, które przemierzyły Europę i Południową Amerykę, a w 1966 roku przyłączył się do ruchu artystycznego 80 Wooster Fluxhouse Coop.
W 1970 roku został dyrektorem nowo otwartego Anthology Film Archives, które mieści muzeum filmu, salę kinową i bibliotekę. Mekas wraz ze Stanem Brakhagem, Kenem Kelmanem, Peterem Kubelka, Jamesem Broughtonem i P. Adams Sitneyem, rozpoczęli tam ambitny projekt o nazwie Essential Cinema, który miał ustanowić kanon najważniejszych dzieł filmowych.
W 2001 roku Mekas zrealizował pięciogodzinny pamiętnik filmowy pt. As I Was Moving Ahead, Occasionally I Saw Brief Glimpses of Beauty. Film, który był montowany ręcznie, składa się z nagrań powstających na przestrzeni pięćdziesięciu lat pracy autora.