Ostatecznie w 1949 Synod Cerkwi Rosyjskiej powołał Tymczasowy Zarząd Węgierskich Parafii Prawosławnych, na czele którego postawił ks. protojereja Joanna Kopołowicza (imię po złożeniu ślubów zakonnych: Jonatan). Zrzeszał on 8 parafii, zaś powstała tymczasowa jednostka terytorialna miała podlegać metropolicie krutickiemu i kołomieńskiemu Mikołajowi.
15 listopada 1949 patriarcha utworzył z wymienionych ośmiu parafii dekanat węgierski z cerkwią Zaśnięcia Matki Bożej w Budapeszcie jako soborem. Do 1956 liczba parafii zwiększyła się do 11. Od 1962 dekanat wchodził w skład Ekumenicznej Rady Węgier.
19 kwietnia 2000 dekanat węgierski został przekształcony w eparchię budapeszteńską i węgierską.
W 2001 r. eparchia liczyła około 3500 wiernych.
Biskupi Paweł (Ponomariow) (19 kwietnia 2000 – 7 maja 2003) biskup wiedeński i budapeszteński Hilarion (Alfiejew) (7 maja 2003 – 31 marca 2009) locum tenens, biskup wiedeński Marek (Gołowkow) (31 marca 2009 – 22 października 2015) locum tenens, arcybiskup jegorjewski Tichon (Zajcew) (22 października 2015 – 28 grudnia 2017) locum tenens, biskup podolskiInformacja na oficjalnej stronie Patriarchatu Moskiewskiego Antoni (Siewriuk) (28 grudnia 2017 – 30 maja 2019), biskup wiedeński i budapeszteński Jan (Roszczin) (30 maja 2019 – 30 sierpnia 2019), metropolita wiedeński i budapeszteński