W 1980 przy Polskiej Radzie Ekumenicznej powstała Komisja ds. Nabożeństw Radiowych, która ustaliła plan transmisji nabożeństw Kościołów członkowskich w radiu. Pierwsze nabożeństwo zostało nadane 24 stycznia 1982 roku.
10 grudnia 1981 roku Prezydium PRE zostało przyjęte przez gen. Wojciecha Jaruzelskiego. Po wprowadzeniu stanu wojennego bp. Janusz Narzyński wraz z ks. Witoldem Benedyktowiczem w imieniu Polskiej Rady Ekumenicznej, wyrazili poparcie dla władz wojskowych. Z ramienia PRE członkiem PRON była Barbara Enholc-Narzyńska. W 1993 roku Zdzisław Tranda ustępując z urzędu prezesa PRE dokonał surowego rozrachunku z przeszłością. Uznał, że błędem było poparcie PRON-u w 1982 roku, a poparcie stanu wojennego było wyrazem słabości oraz braku odwagi.
W 1983 podczas pielgrzymki papieża Jana Pawła II do Polski doszło do jego pierwszego spotkania z przedstawicielami Kościołów Polskiej Rady Ekumenicznej. Podobne spotkania miały miejsce przy okazji jego kolejnych pielgrzymek do Polski w 1987, 1991, 1997 i 1999 roku.
Gdy w 1988 został rozwiązany ZKE, spośród kościołów utworzonych po jego rozpadzie jedynie Kościół Zielonoświątkowy w RP wyraził wolę pozostania członkiem Rady, jednak pod warunkiem zachowania statusu członka założyciela.