Od 1947 do Rady należał utworzony w owym roku Zjednoczony Kościół Ewangeliczny (w jego skład wszedł KECh, a w 1953 również ZKCh i KChWE).
W 1950 i 1951 odbyły się dwa ekumeniczne nabożeństwa komunijne z udziałem duchownych z Kościołów Ewangelicko-Augsburskiego, Ewangelicko-Reformowanego, Metodystycznego, Chrześcijan Baptystów, Starokatolickiego Mariawitów i Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego.
W latach 1951–1955 na skutek presji władz PRL działania Polskiej Rady Ekumenicznej zostały zawieszone. 7 grudnia 1955 odbyło się pierwsze po czteroletniej przerwie zebranie Rady. W 1957 Polska Rada Ekumeniczna otrzymała status członka stowarzyszonego Światowej Rady Kościołów.
W 1974 oficjalnie nawiązano stosunki pomiędzy Polską Radą Ekumeniczną a Kościołem katolickim poprzez powołanie Komisji Mieszanej PRE i Komisji Episkopatu ds. Ekumenizmu. Również w 1974 doszło do ukonstytuowania Komisji Kontaktów Polskiej Rady Ekumenicznej i Kościoła Ewangelickiego w Niemczech. Pierwszymi jej współprzewodniczącymi zostali ks. dr Helmut Hild, prezydent Kościoła Ewangelickiego Hesji, oraz prezes PRE i zwierzchnik Kościoła Ewangelicko-Reformowanego w Polsce bp Jan Niewieczerzał.