14 sierpnia 1924 roku nieoficjalne uprawnienia zostały potwierdzone dekretem Ministerstwa Wyznań i Oświecenia Publicznego. 6 czerwca 1936 roku zmieniono nazwę szkoły na „Salezjańska Szkoła Organistowska w Przemyślu”. Salezjanie sami tworzyli podręczniki i materiały do nauki. W czasie II wojny światowej szkoła przerwała działalność.
W 1946 roku szkoła wznowiła działalność. 8 września 1947 roku rozporządzeniem Ministerstwa Kultury i Sztuki, została zatwierdzona „Średnia Szkoła Organistowska”. Szkoła była pod kontrolą władz państwowych, diecezjalnych i zakonnych. .
3 września 1963 roku władze komunistyczne wydały nakaz, aby szkoła natychmiast opuściła zajmowane budynki. Salezjanie nie wykonali rozkazu. 2 października 1963 roku przybyło ponad 400 funkcjonariuszy ZOMO z Rzeszowa, Krosna, Kielc i Lublina, 95 pracowników operacyjnych oraz 40 członków ORMO. Gdy ks. Władysław Chmiel SDB odmówił wykonania decyzji, milicjanci rozbili bramę wejściową i ogrodzenie. W odpowiedzi Salezjanie uderzyli w kościelne dzwony, które biły przez ponad półtorej godziny. Przed kościołem i szkołą zgromadzili się mieszkańcy Przemyśla. ZOMO rozproszyło część z nich, pozostali weszli do świątyni. Do szkoły w eskorcie milicji weszła komisja eksmisyjna i siłą zajęto budynek i wyposażenie szkoły.