Zdaniem Zygmunta Kałużyńskiego z „Polityki” film Żebrowskiego „spełnia szalenie istotne zapotrzebowanie: prezentuje postawy, daje starcie poglądów, wciąga nas w dramat sprzeczności ideowych”.
Bardziej sceptyczny wobec Szpitalu Przemienienia był Tadeusz Lubelski, zarzucając filmowi niewiarygodność fabuły. Filmowa likwidacja szpitala następuje latem 1940, podczas gdy, jak twierdził Lubelski, „zdarzenia prototypowe toczyły się we Lwowie, gdzie Lem w 1940 zaczął studia medyczne; Niemcy mogli więc przybyć do szpitala dopiero w dwa lata po rozpoczęciu wojny”. Sam autor pierwowzoru literackiego, Stanisław Lem, stawiał Żebrowskiemu zarzut odejścia od realiów wojennych: „nawet w czasie drugiej wojny światowej dowódca jednostki niemieckiej nie mógł ot, tak sobie, mordować kogo popadło. Najprawdopodobniej Niemcy uśmierciliby pacjentów, ale nie lekarzy, którzy mieli pewną szansę na ocalenie”. Podobny zarzut stawiał Jerzy Płażewski na łamach „Kina”, wypominając reżyserowi „wyizolowanie historii szpitala z szerszego kontekstu okupacyjnego”. Krzysztof Kłopotowski z „Literatury” stwierdzał, że Szpital Przemienienia posługuje się schematycznymi uproszczeniami: „zwolennik eksperymentowania na ludziach okazuje się w krytycznym momencie volksdeutschem.