Film zmontowała Urszula Śliwińska.
Edward Żebrowski swoją krytykę w filmie skierował na instytucję szpitala psychiatrycznego, który posługuje się aparatem przemocy. Koncentrując się na rozterkach moralnych doktora Stefana, które prowadzą głównego bohatera do heroicznego czynu w imię dobra, Żebrowski starał się równocześnie skupić na fenomenie dobra w świecie przenikniętym przez zło.
Podczas realizacji filmu wykorzystano zabytkowe wnętrza i plenery Szpitala im. prof. Jana Mazurkiewicza (Szpitala Tworkowskiego) pod Warszawą, choć w rzeczywistości był to jedyny duży szpital psychiatryczny w Polsce, w którym Niemcy podczas wojny nie eksterminowali osób chorych psychicznie. Premiera Szpitala Przemienienia odbyła się 28 marca 1979.
Rozpowszechnianie W 2011 Szpital Przemienienia ukazał się razem z innymi filmami Żebrowskiego – Ocaleniem (1972) i W biały dzień (1980) – na płytach DVD, w ramach cyklu wydawniczego Arcydzieła polskiego kina. Za wydanie Szpitala Przemienienia odpowiedzialne było Wydawnictwo Telewizji Kino Polska, a rozpowszechniana wersja obsługiwała standard dźwiękowy Dolby Digital 2.0.