Po krótkim przetrzymywaniu w zamienionym na areszt gmachu seminarium duchownego został zamordowany (najprawdopodobniej 24 października) wraz z grupą polskiej inteligencji pelplińskiej w zbiorowej egzekucji w lasach szpęgawskich.
Od 22 stycznia 1919 był żonaty z Małgorzatą Klemensówną (1889-1944). Była ona córką właściciela drogerii w Gniewkowie i kształciła się na poznańskiej pensji Danyszowej. W Pelplinie wspierała męża w działalności społecznej, była członkinią Związku Ziem Zachodnich oraz wiceprzewodniczącą Towarzystwa Polek. Po egzekucji męża została razem z córką wysiedlona do Lublina.
Jedynym dzieckiem małżeństwa Przygodzińskich była córka Barbara, po mężu Czyżma (ur. 11 lutego 1921 w Gniewkowie, zm. 15 kwietnia 2003 w Pelplinie), która kształciła się w zakładzie Sacré Coeur w Pobiedziskach. Po wysiedleniu do Generalnego Gubernatorstwa działała w konspiracji, była łączniczką Narodowych Sił Zbrojnych i Armii Krajowej. Po wojnie powróciła do Pelplina i w kwietniu 1945 przejęła dawną ojcowską aptekę. W 1950 ukończyła studia farmaceutyczne na Uniwersytecie Poznańskim. Z dyplomem magistra farmacji pracowała w aptece "Pod Orłem" także po 1950, kiedy apteka została upaństwowiona i włączona do "Cefarmu". Została odznaczona m.in.