Manuel Zelaya powrócił do kraju 28 maja 2011 na mocy porozumienia z prezydentem Lobo Sosą, po wcześniejszym anulowaniu przez sąd nakazu aresztowania i wszystkich zarzutów wobec jego osoby.
Geneza thumb|Honduras na mapie Ameryki Środkowej
W wyborach prezydenckich w listopadzie 2005 nowym prezydentem Hondurasu został wybrany Manuel Zelaya, wywodzący się z Partii Liberalnej Hondurasu. 27 stycznia 2006 rozpoczął czteroletnią kadencję prezydencką. W czasie rządów odsunął się od głównego nurtu swojej partii, prowadząc politykę o coraz bardziej lewicowym charakterze. Nawiązał bliższą współpracę z lewicowymi przywódcami Wenezueli i Nikaragui, czego efektem było wejście Hondurasu do regionalnej organizacji ALBA w 2008.
Przyczyną zamachu stanu w Hondurasie było dążenie prezydenta Manuela Zelayi do przeprowadzenia niewiążącego głosowania, mającego ocenić poparcie społeczne dla zwołania Zgromadzenia Konstytucyjnego w celu zmiany konstytucji. W przypadku zgody obywateli, Zelaya planował przeprowadzenie wiążącego referendum w tej sprawie razem z wyborami prezydenckimi, parlamentarnymi i lokalnymi w listopadzie 2009. Zgromadzenie Konstytucyjne, organ samodzielny w stosunku do parlamentu, był jedyną instytucją upoważnioną do zmiany ustawy zasadniczej.