W lipcu, z powodu nieprzejednanego stanowiska rządu tymczasowego, fiaskiem zakończyły się trzy tury rozmów negocjacyjnych przy mediacji prezydenta Oscara Ariasa.

W październiku 2009, już po przedostaniu się Zelayi do ambasady Brazylii, negocjacje zostały wznowione. Ich celem było wyjście z kryzysu przed listopadowymi wyborami prezydenckimi. Porozumienie, wypracowane po kilku tygodniach rozmów i podpisane pod koniec października, zakładało jego powrót na stanowisko po uprzedniej zgodzie wyrażonej przez parlament. Implementacja porozumienia okazała się skomplikowana, a parlament na początku grudnia 2009, a więc już po wyborach, opowiedział się przeciw przywróceniu go na urząd, co zamykało Zelayi drogę powrotu do władzy.

Kryzys polityczny zakończył się pod koniec stycznia 2010, po siedmiu miesiącach od czasu zamachu stanu. Zelaya nie odzyskał władzy. 27 stycznia 2010, w dniu końca jego konstytucyjnej kadencji, nowym prezydentem został zaprzysiężony zwycięzca wyborów, Porfirio Lobo Sosa. Tego samego dnia Zelaya opuścił Honduras i udał się do Dominikany, a parlament uchwalił amnestię polityczną dla wszystkich uczestników zamachu.