Kongres ogłosił, że tymczasowy prezydent będzie pełnił władzę do czasu wyborów generalnych 29 listopada 2009. Jako przyczynę odsunięcia prezydenta Zelayi podał "wielokrotne naruszenia konstytucji i prawa oraz zignorowanie decyzji instytucji sądowniczych". Micheletti zarządził wprowadzenie godziny policyjnej w całym kraju w godzinach 21:00-6:00. Stwierdził, że nie przejmuje władzy "pod piętnem zamachu stanu", lecz "wskutek absolutnie legalnego procesu transferu", a armia działała w zgodzie z konstytucją . 30 czerwca Roberto Micheletti powołał 6 nowych członków rządu, w tym ministra spraw zagranicznych, ministra finansów i ministra obrony.
Na początku lipca 2009 rząd tymczasowy Hondurasu wyraził wolę prowadzenia rozmów z OPA, a Micheletti zaoferował wysłanie delegacji na rozmowy z organizacją. Jednocześnie oskarżył sąsiednią Nikaraguę o przegrupowanie wojsk pod granicę z Hondurasem i tym samym rozpoczęcie "psychologicznej inwazji". Wezwał Nikaraguę do poszanowania suwerenności jego kraju, podkreślając jednak, że Honduras nie boi się jej bronić. Władze nikaraguańskie oficjalnie zaprzeczyły zarzutom Michelettiego.