Ma ono upamiętniać męczeńską historię Polski, związaną z Ewangelią Jezusa Chrystusa. W kaplicy papieskiej złożono również pamiątki po obecności Jana Pawła II w Bydgoszczy.
Relikwie Świętych Polskich Braci MęczennikówRogalski Bogumił. Architektura sakralna Bydgoszczy dawniej i dziś. [w.] Kronika Bydgoska XII (1990). Bydgoszcz 1991 Wezwanie kościoła jest osobistym pomysłem prymasa Polski Stefana Wyszyńskiego, który chciał upamiętnić prześladowanych dla sprawiedliwości Polaków i uznał ziemię bydgoską za szczególnie predestynowaną dla tego celu. Kult Pięciu Braci Męczenników: Benedykta, Jana, Mateusza, Izaaka i Krystyna zamordowanych w terenie święto-wojciechowym pod Międzyrzeczem przez zbójców w 1003 r. rozwinął się w Polsce i Czechach w XI wieku. W 1038 r. relikwie Pięciu Męczenników wywieźli z Gniezna do Pragi Czesi podczas wyprawy łupieżczej do Polski. Stamtąd w 1987 r. prymas Czech kard. Franciszek Tomaszek ofiarował je dla nowego kościoła bydgoskiego. Obecnie relikwie są wystawione do publicznej czci w kaplicy Miłosierdzia Bożego. Relikwiarz (dzieło artysty plastyka Roberta Kai) – to pięć postaci męczenników podtrzymujących koronę królewską z symbolami kłosów, zwieńczoną krzyżem.