ks. Jerzy Popiełuszko został beatyfikowany.
Sanktuarium Nowych Męczenników Od samego początku istnienia, świątynia stała się ośrodkiem myśli patriotycznej związanej z męczeństwem narodu polskiego. W latach 80. była kościołem, w którym ludzie wiary owiani duchem „Solidarności” modlili się za Ojczyznę. Przy kościele skupiły się stowarzyszenia kombatanckie, które zbudowały wokół świątyni symboliczne groby oraz tablice upamiętniające bohaterów walki o wolną Polskę: m.in. tablice upamiętniające pobyt ks. Jerzego Popiełuszki, Sybiraków, pomordowanych w Katyniu, krzyż ofiary Oświęcimia, harcerzy i inne.
Podczas podróży Jana Pawła II do Polski w 1999 r. Bydgoszcz otrzymała miano Stacji Nowych Męczenników. 7 czerwca 1999 r. podczas mszy św. na lotnisku w Bydgoszczy papież nawiązał do symboliki, którą reprezentowało wezwanie kościołaSłowa Jana Pawła II: „Świątynia ta upamiętnia wszystkich bezimiennych Polaków, którzy w ciągu dziejów polskiego chrześcijaństwa oddawali swe życie za Chrystusową Ewangelię i Ojczyznę, poczynając od św. Wojciecha„ oraz wezwał do upamiętnienia męczenników, którzy oddali życie za wiarę. W odpowiedzi na ten apel, w rocznicę pielgrzymki papieża 7 czerwca 2000 r. arcybiskup gnieźnieński Henryk Muszyński oficjalnie podniósł świątynię do godności Sanktuarium Nowych Męczenników.