29 września 1693 ustanowił, jako książę bawarski, Order św. Michała stając się jego pierwszym Wielkim MistrzemMaximilian Gritzner: Handbuch der Ritter- und Verdienstorden aller Kulturstaaten der Welt. Lipsk, 1893, s. 24.
Już w 1694 roku Józef Klemens został wybrany koadiutorem diecezji Hildesheim. Po zaciętych sporach elekcyjnych, w 1694 roku został również księciem-biskupem Liège. Chociaż otrzymał potwierdzenie tego urzędu od papieża Innocentego XII, papież uznał jego kumulację urzędów biskupich za niedopuszczalną i zażądał zrzeczenia się biskupstw w Ratyzbonie i Fryzyndze. Józef Klemens zrzekł się biskupstw we Fryzyndze i Ratyzbonie, ale w 1695 roku został ponownie wybrany na biskupa Ratyzbony przez kapitułę katedralną. Nie został ponownie wybrany we Fryzyndze. Jego próba objęcia również biskupstwa w Münster, gdzie piastował urząd kanonika, zakończyła się niepowodzeniem z powodu wybuchu wojny o sukcesję hiszpańską. W 1702 roku z koadiutora został mianowany biskupem Hildesheimu. Krótko przed wybuchem wojny o sukcesję hiszpańską podpisał porozumienie z Francją. W 1702 roku musiał opuścić Bonn, które zajęte zostało przez wojska cesarza. Józef wraz ze swoimi żołnierzami uciekł na wygnanie do Namur, następnie przebywał w Lille, Valenciennes, Cambrai. W 1715 roku powrócił do Bonn, gdzie też zmarł w 1723 r., w wieku 52 lat.